Das malische Militär putschte das zweite Mal innerhalb von neun Monaten und nahm nach einer Kabinettsumbildung im Mai 2021 den Übergangspräsidenten und den Regierungschef fest. Es gab deutliche Hinweise darauf, dass die Amtszeit der neuen Übergangsregierung nicht wie angekündigt im Februar 2022 enden würde. Die Wirtschaftsgemeinschaft der westafrikanischen Staaten (ECOWAS) setzte die Mitgliedschaft Malis nach dem Staatsstreich vorerst aus und verhängte Sanktionen gegen führende Mitglieder der Übergangsregierung. Im Oktober 2021 wurde der ECOWAS-Gesandte in Mali aufgefordert, das Land zu verlassen.

Der anhaltende bewaffnete Konflikt in den Regionen Mopti und Ségou wurde hauptsächlich auf dem Rücken der Zivilbevölkerung ausgetragen. Frankreich kündigte im Juni 2021 an, seinen Antiterroreinsatz Operation Barkhane in der Sahelzone schrittweise zu reduzieren. Gerüchte, dass ein privates russisches Militärunternehmen die Lücke füllen würde, führten zu einer weiteren Verschlechterung der Beziehungen zwischen Frankreich und Mali.

Die Gruppe zur Unterstützung des Islams und der Muslime (GSIM) und der Islamische Staat in der Großsahara (ISGS) begingen Kriegsverbrechen und andere Verstöße gegen die Zivilbevölkerung.

Die bewaffnete Gruppe GSIM riegelte zahlreiche Dörfer und Gemeinden ab und hinderte die Einwohner_innen daran, sich frei zu bewegen, ihr Land zu bestellen und sich mit Wasser zu versorgen, um sie auf diese Weise zu zwingen, nicht mit der Armee zusammenzuarbeiten. Das Dorf Farabougou (Region Ségou) war bis April 2021 sechs Monate lang eingeschlossen.

Von April bis August 2021 belagerte die GSIM das Dorf Dinagourou (Region Mopti) und verwehrte den Einwohner_innen während der Regenzeit den Zugang zu ihren Äckern.

Bei Angriffen des ISGS in den Gemeinden Ouattagouna, Karou und Daoutegeft im Kreis Ansongo (Region Ménaka) wurden 51 Zivilpersonen getötet.

Die Militäroperationen in der Region Mopti führten zu schweren Menschenrechtsverletzungen, bei denen es sich in einigen Fällen um völkerrechtliche Verbrechen handeln könnte.

Im Rahmen französisch-malischer Militäreinsätze vom 2. bis 20. Januar 2021 tötete das französische Militär am 3. Januar bei einem Luftangriff auf das Dorf Bounti 22 Menschen, die eine Hochzeit feierten. Laut einer Untersuchung der Mehrdimensionalen Integrierten Stabilisierungsmission der Vereinten Nationen in Mali (MINUSMA) waren die meisten Gäste Zivilpersonen aus Bounti und den umliegenden Dörfern, so auch 19 der getöteten Personen. Die drei anderen Toten waren möglicherweise Mitglieder der mit der GSIM verbündeten bewaffneten Gruppe Katiba Serma. Die MINUSMA empfahl den malischen und den französischen Behörden, eine unabhängige, glaubwürdige und transparente Untersuchung des Angriffs und möglicher Verstöße gegen das humanitäre Völkerrecht einzuleiten.

Nach einem Angriff auf eine Stellung der malischen Streitkräfte in Boni (Region Mopti) im Februar 2021 verübten die Streitkräfte nach Aussagen von Einwohner_innen Menschenrechtsverletzungen als Vergeltungsmaßnahmen. So seien u. a. im März 17 Busreisende Opfer des Verschwindenlassens geworden, und im April seien zahlreiche Marktbesucher_innen gefoltert und auf andere Weise misshandelt worden.

Am 2. April wurden vier Männer von malischen Soldaten am Rande der Stadt Diafarabé außergerichtlich hingerichtet, wie Angehörige der Opfer berichteten. Die Soldaten hatten die Opfer, die in der Nähe eines Militärlagers lebten, beschuldigt, sie hätten Personen beherbergt, die das Lager an diesem Tag angegriffen hatten.

Im Oktober 2021 nahmen malische Soldaten am Markttag in Sofara mindestens 30 Personen fest. Auf einem Video, das die Festnahmen dokumentierte, war zu sehen, wie Soldaten einen älteren Mann folterten, um ihn zu zwingen, die Zugehörigkeit zu einer bewaffneten Gruppe zu gestehen. Noch im selben Monat gaben die Streitkräfte bekannt, der Vorfall werde untersucht und die verantwortlichen Soldaten seien beurlaubt worden. In derselben Mitteilung hieß es, man habe in Sofara "22 mutmaßliche Terroristen" festgenommen, die sich in Gewahrsam der Gendarmerie befänden.

Im März 2021 wies das Berufungsgericht von Bamako die Anklagen gegen mehrere Personen ab, die im Dezember 2020 willkürlich festgenommen worden waren, und begründete dies mit Mangel an Beweisen. Ihnen war vorgeworfen worden, sie hätten gemeinsam mit dem ehemaligen Regierungschef Boubou Cissé, der angeklagt, aber nicht festgenommen worden war, geplant, die "Übergangsinstitutionen zu destabilisieren". Zu den Inhaftierten zählten u. a. der beliebte Radiomoderator Mohamed Youssouf Bathily (auch bekannt als Ras Bath) und fünf hochrangige Staatsbedienstete. Im April wurden die Inhaftierten aus der Haft entlassen. Ras Bath wurde im Mai jedoch erneut eine Woche lang willkürlich inhaftiert, nachdem er der Justiz vorgeworfen hatte, an der "Ermittlungsfarce" gegen ihn mitgewirkt zu haben.

Nach dem Staatsstreich im Mai 2021 nahm das Militär den ehemaligen Präsidenten Bah N’daw und den ehemaligen Premierminister Moctar Ouané willkürlich fest und hielt sie ohne Anklage im Militärlager Soundiata Keita in Kati in Haft. Bah N’daw wurde nach einigen Tagen in das Lager A in Bamako verlegt; Moctar Ouané wurde in Bamako unter Hausarrest gestellt. Zur Rechtfertigung der Inhaftierung verwies das Militär auf Sicherheitsgründe. Beide wurden im August freigelassen und durften sich frei bewegen.

Zwei Staatsbedienstete fielen zwei Monate lang dem Verschwindenlassen zum Opfer, bevor man sie in das Zentralgefängnis von Bamako verlegte. Berichten zufolge war der Geheimdienst Sécurité d’État für das Verschwindenlassen verantwortlich. Nach Angaben von Human Rights Watch nahmen die Sicherheitskräfte am 6. September 2021 den ehemaligen Staatssekretär von Präsident Bah N'daw, Kalilou Doumbia, fest. Seine Familie versuchte vergeblich, Informationen über seinen Aufenthaltsort oder sein Schicksal zu erhalten. Am 10. September "verschwand" auch Moustapha Diakité, ein Polizeidirektor in Kayes, nachdem das Oberkommando der Nationalpolizei ihn vorgeladen hatte. Die beiden Männer tauchten erst am 5. November wieder auf, als sie zusammen mit Oberst Kassoum Goïta, dem ehemaligen Geheimdienstchef, und vier weiteren Personen wegen der Mitgliedschaft in einer kriminellen Vereinigung und Verschwörung gegen die Regierung angeklagt wurden.

Im April 2021 verhandelte das Schwurgericht in Bamako zwölf Verfahren wegen Terrorismus, die damit endeten, dass 28 Männer lebenslange Haftstrafen erhielten und ein Mann freigesprochen wurde. Im Oktober fanden vor einem anderen speziellen Schwurgericht in Bamako 47 weitere Terrorismusverfahren statt. In einigen Fällen waren Verstöße gegen das Recht auf ein faires Gerichtsverfahren festzustellen, weil die Geheimdienste die Angeklagten rechtswidrig in Untersuchungshaft genommen hatten und diese während der Ermittlungsverfahren keinen Rechtsbeistand hatten. Im Juni 2021 mussten sich zwölf Personen vor dem Schwurgericht Mopti wegen der rechtswidrigen Tötung von 39 Zivilpersonen aus der Ortschaft Koulogon-Peul im Januar 2019 verantworten. Die Angeklagten, die vom Gericht vorläufig auf freien Fuß gesetzt worden waren, wurden in Abwesenheit u. a. wegen Mordes zu lebenslanger Haft verurteilt.

Bei den Untersuchungen der völkerrechtlichen Verbrechen, die von der Armee verübt worden waren, gab es nur geringe Fortschritte.

In Verbindung mit der Tötung von 14 Demonstrierenden durch exzessive Gewaltanwendung der Sicherheitskräfte im Jahr 2020 in Bamako wurde im September 2021 der Kommandeur der Anti-Terror-Spezialeinheit, Oumar Samaké, festgenommen. Er wurde wegen "Mordes, schwerer Körperverletzung, tödlicher Körperverletzung und Beihilfe zu Mord" angeklagt. Seine Festnahme löste spontane Proteste von Polizisten aus, die ihn aus dem Hauptgefängnis von Bamako befreiten und mit ihm durch die Straßen der Stadt marschierten. Nach einem Ultimatum der Regierung kehrte Oumar Samaké freiwillig in die Untersuchungshaft zurück.

Viele Menschen erlitten weiterhin Diskriminierung und Gewalt aufgrund ihres sozialen Status, der über ihre Abstammung definiert wurde. Im September 2021 griff eine aufgebrachte Menge in Tomora Menschen an, die einer als minderwertig angesehenen Kaste angehörten, als diese den Unabhängigkeitstag mit einer Prozession feierten. Dabei wurde ein Mann getötet, zahlreiche weitere Menschen wurden verletzt.

Im Februar 2021 lieferte die COVAX-Initiative der Weltgesundheitsorganisation Mali eine erste Charge mit 396.000 Impfstoffdosen gegen Covid-19. Bis Dezember waren 963.968 Dosen verabreicht, und 349.000 Menschen (1,7 Prozent der Bevölkerung) hatten eine doppelte Impfung erhalten. Aufgrund der unsicheren Lage in der Mitte und im Norden des Landes konzentrierten sich die Impfaktionen vor allem auf die Städte. Wegen der schlechten medizinischen Infrastruktur war es schwierig, Impfstofflieferungen für abgelegene Gebiete sachgerecht zu lagern.