Im September bezeichnete UNHCR die Situation von Migranten und Asylsuchenden in Griechenland als „humanitäre Krise”. Es gab keine konkreten Verbesserungen, obwohl die Regierung wiederholt zusagte, das defekte Asylsystem zu reformieren, Beschwerderechte wiederherzustellen, Migranten menschenwürdig zu behandeln und die Polizei für Misshandlungen zur Verantwortung zu ziehen.

Ein Erlass des Präsidenten über moderate Reformen, der sich auch mit dem Bearbeitungsrückstand von mehr als 46.000 Fällen befasste, wurde bislang nicht umgesetzt, teilweise wegen der griechischen Haushaltskrise. Nur 11 von 30.000 Asylanträgen (0,04 Prozent) wurden 2009 in erster Instanz bewilligt. Umfangreiche Reformen wurden auf 2011 oder später verschoben.

Die Europäische Kommission setzte das Vertragsverletzungsverfahren gegen Griechenland fort, weil es verbindliche EU-Asylrichtlinien verletzt. Am 24. Juni erhielt die Regierung ein zweites Mahnschreiben. Auf eine Anfrage Griechenlands stationierte Frontex im November 175 Grenzschützer an der griechisch-türkischen Grenze.

Die Haftbedingungen für Migranten und Asylsuchende liegen weiterhin unter internationalen Standards. Unbegleitete Kinder und Angehörige anderer verletzlicher Gruppen erhalten wenig oder keine Unterstützung. Viele von ihnen leben in Armut oder auf der Straße. Sie laufen Gefahr, Opfer von Ausbeutung oder Menschenhandel zu werden. Nach einem Besuch im Oktober bezeichnete der UN-Sonderberichterstatter über Folter die Bedingungen in vielen Hafteinrichtungen für Migranten als unmenschlich und entwürdigend.

Gewalt bewaffneter oppositioneller Gruppen sowie Streiks und Demonstrationen kennzeichneten ein Jahr zunehmender wirtschaftlicher Krise und Sparmaßnahmen in Griechenland. Es wurden zahlreiche Bombenanschläge gegen öffentliche Gebäude verübt, bei denen im März ein Unbeteiligter und im Juni ein Assistent des Ministers für Bürgerschutz starben. Andere Anschläge verursachten strukturelle Schäden. Im November fing die Polizei in Griechenland und anderen Staaten mehr als ein Dutzend Briefbomben ab, die an ausländische Botschaften in Athen, das griechische Parlament, das Staatsoberhaupt und andere Institutionen in Europa adressiert waren.

Im Oktober wurde ein Polizist zu lebenslanger Haft verurteilt. Er hatte während einer Demonstration in Athen im Dezember 2008 einen 15-jährigen Jungen vorsätzlich erschossen. Landesweite Unruhen folgten auf den Vorfall. Ein anderer Polizist wurde wegen Mittäterschaft zu einer zehnjährigen Gefängnisstrafe verurteilt.

Im Mai veröffentlichte der Europäische Ausschuss für soziale Rechte seine Schlussfolgerungen von Dezember 2009. In ihnen kritisiert er, dass Roma landesweit beim Zugang zu Wohnraum diskriminiert werden. Bereits 2004 hatte der Ausschuss Griechenland gerügt.