Die im März und April 2020 abgehaltenen Parlamentswahlen lösten eine politische Krise aus. Im Juni schlossen sich Gruppen der Opposition und religiöse Führungspersonen zum Bündnis Mouvement du 5 juin – Rassemblement des forces patriotiques (M5-RFP) zusammen. Das Bündnis focht die Wahlergebnisse an und forderte den Rücktritt des Präsidenten. Im August wurden der Präsident und die Regierung von einem Nationalen Komitee für die Rettung des Volkes (Comité national pour le salut du peuple) gestürzt. Im Oktober wurde eine Übergangsregierung gebildet. Die Sicherheitslage in Mali blieb vor dem Hintergrund des anhaltenden Konflikts fragil. Dies galt vor allem für die Zentralregionen, in denen mehrere bewaffneten Gruppen agieren, unter ihnen die Gruppe zur Unterstützung des Islams und der Muslime (Group for the Support of Islam and Muslims – GSIM), der Islamische Staat in der Großsahara (Islamic State in the Greater Sahara) und sogenannte Selbstverteidigungsmilizen.

Bewaffnete Gruppierungen begingen Kriegsverbrechen und andere Menschenrechtsverstöße, darunter zahlreiche Angriffe auf die Zivilbevölkerung. Nach Angaben der Mehrdimensionalen Integrierten Stabilisierungsmission der Vereinten Nationen in Mali (MINUSMA) überfielen im Januar 2020 Angehörige der Dozo, eine Gemeinschaft traditioneller Jäger, die Ortschaft Sinda und töteten 14 Frauen und Männer. Die bewaffnete Gruppierung Dan na Ambassagou überfiel im Februar die Ortschaft Ogossagou. Die Angreifer töteten mindestens 35 Zivilpersonen, unter ihnen 5 Kinder. Drei Menschen wurden verletzt, das Schicksal von 19 weiteren Personen blieb ungeklärt. Im Juli griffen mutmaßlich mit der GSIM kooperierende Bewaffnete mehrere Ortschaften in den Kommunen Tori und Diallassagou an. Dabei töteten sie mindestens 32 Männer. Auch die MINUSMA wurde von bewaffneten Gruppierungen angegriffen. Bis September 2020 waren zwei UN-Mitarbeiter getötet und 40 weitere verletzt worden.

Zwischen September und Dezember 2020 belagerten bewaffnete Gruppen das Dorf Farabougou in der Region Ségou und hinderten die Bewohner_innen daran, sich frei zu bewegen und ihre Ackerflächen zu bestellen.

Während des Wahlkampfs für die Parlamentswahlen wurden mindestens drei Kandidaten verschleppt, jedoch alle wieder freigelassen. Am 25. März 2020 wurden der prominente Oppositionspolitiker Soumaila Cissé und fünf Mitarbeiter seines Wahlkampfteams von Mitgliedern der GSIM in Niafounké, einer Stadt in der Region Timbuktu, entführt. Sein Leibwächter wurde dabei getötet. Während die Mitarbeiter von Soumaila Cissé in den folgenden Tagen freigelassen wurden, kam er selbst erst am 8. Oktober zusammen mit drei Geiseln, einer Französin und zwei Italienern, frei.

Die malischen Streitkräfte begingen bei ihren Operationen Kriegsverbrechen und andere Menschenrechtsverletzungen an der Zivilbevölkerung.

Soldaten töteten im Kreis Niono (Region Ségou) zwischen dem 3. Februar und 10. März 2020 mindestens 23 Frauen und Männer. Mindestens 27 weitere wurden Opfer des Verschwindenlassens.

Nach Angaben der MINUSMA töteten Nationalgardisten im Juni 2020 nach einer Patrouille mit einer Gruppe von Dozo in den Ortschaften Binédama und Yangassadiou 43 Zivilpersonen. Die Streitkräfte gestanden die Tötungen zwar öffentlich ein und sicherten eine Untersuchung des Vorfalls zu, doch lagen bis Jahresende noch keine weiteren Informationen hierzu vor.

Die Sicherheitskräfte gingen bei der Auflösung von Demonstrationen mehrfach mit exzessiver Gewalt vor und wandten dabei auch rechtswidrig tödliche Gewalt an.

Die Entscheidung des Verfassungsgerichts, angefochtene Wahlergebnisse in 31 Fällen für gültig zu erklären, führte im ganzen Land zu Protesten. Am 7. Mai 2020 setzten Sicherheitskräfte bei der Auflösung von Protesten in Sikasso scharfe Munition ein. Fünf Demonstrierende wurden verletzt, einer von ihnen so schwer, dass er starb.

Am 11. Mai wurde ein 17 Jahre alter Motorradfahrer in Kayes bei der Festnahme durch einen Polizisten außer Dienst getötet. Dieser Vorfall löste in der Stadt am darauffolgenden Tag Demonstrationen aus, bei denen die Polizei zwei Menschen erschoss. Bei einem der Getöteten handelte es sich um einen zwölfjährigen Jungen.

Auch in der Hauptstadt Bamako schossen die Sicherheitskräfte auf Demonstrierende. Diese hatten öffentliche Gebäude besetzt und Barrikaden errichtet, um ihrer Forderung nach dem Rücktritt des Präsidenten Nachdruck zu verleihen. 14 Demonstrierende wurden durch Schüsse getötet, Hunderte wurden verletzt. Die Vorfälle ereigneten sich zwischen dem 10. und 12. Juli 2020. Die Regierung kündigte im August eine Untersuchung der Tötungen an.

Der Anti-Korruptions-Aktivist Clément Dembelé wurde am 9. Mai 2020 in Banconi, einem Vorort von Bamako, von acht vermummten Geheimdienstangehörigen aus seinem Auto entführt. Vor seiner Entführung hatte er die Sicherheitskräfte aufgefordert, ihr gewaltsames Vorgehen gegen Demonstrierende in Sikasso einzustellen. Der Geheimdienst hielt Dembelé zwölf Tage lang ohne Kontakt zur Außenwelt in Haft. Am 21. Mai ließ ihn der Geheimdienst frei und erhob Anklage wegen "Anstiftung der Sicherheits- und Verteidigungskräfte zum Ungehorsam gegenüber ihren Vorgesetzten". Er wurde am 29. September von allen Anklagepunkten freigesprochen.

Nach dem Militärputsch im August 2020 wurden mehrere Minister und Militärangehörige, unter ihnen auch der damalige Staatspräsident, der Regierungschef und der Präsident der Nationalversammlung unrechtmäßig festgehalten, ohne einer Straftrat angeklagt zu werden. Der abgesetzte Staatspräsident Keïta befand sich zehn Tage lang in Gewahrsam, konnte dann aber Ende August das Land aus gesundheitlichen Gründen verlassen. Die anderen Festgenommenen kamen im Oktober ohne Anklageerhebung frei.

Nach Einschätzung humanitärer Hilfsorganisationen im Juni 2020 konnten 23 % der Gesundheitszentren in Mali nicht bzw. lediglich zum Teil genutzt werden. Dies lag zum einen an knappen Haushaltsmitteln und zum anderen an den Auswirkungen auf den öffentlichen Dienst durch die Corona-Pandemie und den bewaffneten Konflikt. Nach Angaben der UN gab es in Mali ungefähr 287.496 Binnenvertriebene und 42.780 Flüchtlinge. Das Recht auf Gesundheit dieser Gruppen war gravierend eingeschränkt.

Durch die Aktivitäten bewaffneter Gruppen konnten viele Kinder ihr Recht auf Bildung nicht wahrnehmen. Dies galt besonders für das Zentrum des Landes. Die Lage wurde zusätzlich dadurch verschärft, dass die Lehrkräfte zwölf Monate lang streikten, weil die Regierung die Vereinbarung, den Lehrkräften mehr Gehalt zu zahlen, gebrochen hatte. Nach Angaben des UN-Kinderhilfswerks UNICEF waren im März 2020 1.261 Schulen wegen der ständigen Furcht vor Angriffen bewaffneter Gruppen geschlossen. Davon waren 370.000 Schüler_ innen und 7.500 Lehrkräfte betroffen.

Nach wie vor wurden viele Menschen in Mali aufgrund von Kastenzuschreibungen und wegen ihres sozialen Status diskriminiert, was vielfach zu Gewalt führte. Im Juni 2018 hatte der Ortsvorsteher von Diandioumé (Region Kayes) eine Familie von ihrem Ackerland vertrieben. Dies war auf der Grundlage ihrer vermeintlich niedrigeren sozialen Position geschehen. Nachdem die Justizbehörden im September 2020 die Besitzrechte der Familie an dem Land bestätigten, wurden vier Männer, die sich gegen diese Diskriminierung gewehrt hatten, von Dorfbewohnern zu Tode geprügelt. Drei weitere Personen, unter ihnen eine 80-jährige Frau, wurden schwer verletzt. Die Behörden nahmen elf Personen fest, die unter dem Verdacht standen, an den Tötungen beteiligt gewesen zu sein. Die Gerichtsverfahren gegen sie waren Ende 2020 noch nicht abgeschlossen.

Der UN-Ausschuss für die Beseitigung der Diskriminierung der Frau (CEDAW) kritisierte im Juni 2020, dass die Regierung keine Anstalten machte, weibliche Genitalverstümmelung unter Strafe zu stellen. Dadurch konnten die Täter_ innen nach Ansicht des Ausschusses die Rechte der Frauen verletzen, ohne strafrechtliche Konsequenzen befürchten zu müssen. Ein bereits im Jahr 2017 ausgearbeiteter Gesetzentwurf ächtete die weibliche Genitalverstümmelung, war jedoch noch nicht verabschiedet.

Das Schwurgericht in Bamako setzte im Januar 2020 den früheren Chef einer Militärjunta Amadou Haya Sanogo und 17 Mitangeklagte vorläufig auf freien Fuß. Die Männer waren im Dezember 2013 wegen der Entführung, Ermordung und Mittäterschaft bei der Ermordung von 21 Soldaten angeklagt worden. Sie hatten mehr als sechs Jahre in Sélingué in Untersuchungshaft verbracht, drei Jahre länger als die nach malischem Recht erlaubte Höchstdauer. Der Prozess gegen sie hatte 2016 begonnen und wurde nach seiner Aussetzung im Januar 2020 bis zum Jahresende nicht wieder aufgenommen.

Im Juli 2020 begann vor dem Internationalen Strafgerichtshof der Prozess gegen Al Hasan Ag Abdoul Aziz Ag Mohamed. Die Anklagepunkte lauteten auf Kriegsverbrechen und Verbrechen gegen die Menschlichkeit, die er in seiner Zeit als Mitglied der islamistischen Gruppe Ansar Eddine in Timbuktu begangen haben soll. Die Stadt war während der islamistischen Besetzung des Nordens von Mali zwischen 2012 und 2013 unter die Kontrolle von Ansar Eddine geraten.

Das Schwurgericht in Bamako befand mindestens 18 Mitglieder bewaffneter Gruppierungen auf der Grundlage terrorismusbezogener Anklagen für schuldig. Darunter waren auch drei Männer, die wegen ihrer Beteiligung an dem Anschlag auf das Radisson Blu Hotel im November 2015 zum Tode verurteilt wurden. Einer der Verurteilten kam später im Rahmen eines Gefangenenaustauschs frei. 15 Männer wurden im November 2020 wegen "Terrorismus, Besitzes von Kriegswaffen und Mordes" zum Tode verurteilt. Die meisten Kriegsverbrechen und anderen gravierenden Menschenrechtsverletzungen, die im Zusammenhang mit dem Konflikt begangen worden waren, blieben jedoch ungesühnt.