Im Februar informierte der Europäische Gerichtshof für Menschenrechte (EGMR) Litauen über einen zweiten Fall im Zusammenhang mit der mutmaßlichen Beteiligung der Behörden des Landes am geheimen Haftprogramm der CIA. Der saudi-arabische Staatsbürger Mustafa Al-Hawsawi, der immer noch in Guantanamo Bay inhaftiert ist, war 2003 in Pakistan festgesetzt und rechtswidrig in eine Reihe von Ländern überstellt worden, wo man ihn in geheimer Haft hielt, darunter mutmaßlich auch in Litauen. Litauen hatte dem EGMR Ende November seinen Standpunkt zum Fall Al-Hawsawi vorgetragen. Der Fall war am Ende des Jahres noch anhängig.

Im Januar urteilte das Verfassungsgericht, dass Litauen befristete Aufenthaltsgenehmigungen für Drittstaatsangehörige erteilen muss, die in gleichgeschlechtlichen Ehen oder eingetragenen Partnerschaften mit litauischen Staatsangehörigen leben. Im September begann das Parlament mit der Überprüfung eines vom Büro der Ombudsperson initiierten Gesetzesvorschlags zur Änderung des Gleichbehandlungsgesetzes. Der Vorschlag beinhaltet zwar einige positive Änderungen wie z.B. die Definition der assoziativen Diskriminierung (Diskriminierung aufgrund der Verbindung einer Person mit einer anderen Person, die einer geschützten Gruppe angehört), aber es fehlten noch immer Bestimmungen zur rechtlichen Anerkennung der Geschlechtsidentität, die seit über einem Jahrzehnt im Parlament blockiert werden.

Geschlechtsspezifische Gewalt ist nach wie vor weit verbreitet. Litauen hat die Istanbul-Konvention noch nicht ratifiziert. Die Konvention wurde 2018 dem Parlament zur Ratifizierung durch den ehemaligen Präsidenten vorgelegt, dort aber noch nicht behandelt. Die Harmonisierung der Rechtsvorschriften zur Bekämpfung von Gewalt gegen Frauen in Übereinstimmung mit der Konvention, wie sie vom UN-Ausschuss für die Beseitigung der Diskriminierung der Frau wiederholt gefordert wurde, wäre ein erster Schritt gegen die unangemessene Behandlung entsprechender Fälle durch die Ermittlungsbehörden, wie die Verschleppung der Ermittlungen oder die Verzögerung bei der strafrechtlichen Verfolgung.

Die Rechte von Häftlingen wurden weiterhin verletzt. In mehreren Gefängnissen wurde über die körperliche Misshandlung sowie über Repressionen gegen Inhaftierte berichtet, die ihr Beschwerderecht ausgeübt hatten. Mangels gesetzlicher Vorschriften zur Unterbringung schutzbedürftiger Gefangener kam es zu disziplinarischen Isolationsmaßnahmen, die de facto einer Einzelhaft gleichkamen. Andere seit langem bekannte Empfehlungen des Europäischen Ausschusses zur Verhütung von Folter waren noch immer nicht umgesetzt.

Nach breiter Kritik verzichtete der Kulturausschuss des Parlaments im Januar darauf, seine Bemühungen zur Änderung des Gesetzes über die Bereitstellung von Informationen für die Öffentlichkeit fortzusetzen. Die Änderungen hätten die Redefreiheit und die Möglichkeit der Kritik an der Regierung  eingeschränkt, insbesondere durch das Verbot der Veröffentlichung von Informationen, die "Misstrauen und Unzufriedenheit mit Litauen oder seinen Institutionen fördern könnten".