Nach einem Brand in einer Hafteinrichtung am 25. Mai 2016 in Rotterdam wurden mehrere Migranten wegen “Störens der öffentlichen Ordnung” während der Evakuierung als Strafmaßnahme in Einzelhaft verlegt.

Im Oktober 2016 wurde ein Gesetzentwurf zur Regelung der Inhaftierung von Flüchtlingen und Migranten im Parlament eingebracht. Zwar enthielt er geringfügige Verbesserungen, wesentliche Bedenken blieben jedoch bestehen, da er vorsah, dass Migranten ohne regulären Aufenthaltsstatus aus zahlreichen Gründen ihrer Freiheit beraubt werden können. Der bestrafende Charakter des Inhaftierungssystems blieb ebenfalls bestehen. Überdies sah der Gesetzentwurf die Möglichkeit vor, Migranten für mindestens 16 Stunden am Tag in einer Zelle festzuhalten.

Die Behörden zeigten sich nach wie vor nicht bereit, die Empfehlung des Europäischen Ausschusses für soziale Rechte umzusetzen, allen Menschen, einschließlich Migranten ohne regulären Aufenthaltsstatus, ohne Vorbehalt Zugang zu Wohnraum und anderen Grundversorgungsleistungen zu gewähren.

Die Erstellung von Persönlichkeitsprofilen nach ethnischen Kriterien durch die Polizei gab nach wie vor Anlass zu ernsthafter Besorgnis. Obwohl die Behörden die negativen Auswirkungen dieses Vorgehens anerkannten, entwickelten sie keinen umfassenden Plan für einen diskriminierungsfreien und effektiven Einsatz von Polizeikontrollen auf der Straße. Überdies lehnte die Polizei es weiterhin ab, derartige Polizeikontrollen systematisch zu überwachen und aufzuzeichnen, wodurch schwer einzuschätzen war, ob Maßnahmen gegen die Erstellung von Persönlichkeitsprofilen nach ethnischen Kriterien, wie etwa Schulungen, Diversitätsmanagement und der Dialog mit den verschiedenen Gemeinschaften, dazu beitrugen, die Diskriminierung zu reduzieren.

Ein Vorschlag der Regierung, gesichtsbedeckende Kleidung an bestimmten Orten zu verbieten, wie etwa in öffentlichen Verkehrsmitteln und öffentlichen Bildungs- und Gesundheitseinrichtungen, wurde im November 2016 vom Parlament gebilligt, war aber im Senat noch anhängig. Das Verbot würde die Rechte auf Religionsfreiheit und freie Meinungsäußerung einschränken, vor allem für muslimische Frauen.

Im Mai 2016 verabschiedete das Parlament zwei kontroverse Gesetzesvorlagen zur Bekämpfung des Terrorismus. Es war vorgesehen, dass diese Anfang 2017 im Senat debattiert werden. Im Fall ihrer Verabschiedung würden die Gesetze es dem Minister für Sicherheit und Justiz gestatten, administrative Kontrollmaßnahmen wie Reiseverbote gegen Einzelpersonen zu verhängen, wenn diese in der Zukunft möglicherweise eine terroristische Bedrohung darstellen könnten. Die Gesetze würden es zudem ermöglichen, Personen mit doppelter Staatsangehörigkeit die niederländische Staatsbürgerschaft abzuerkennen, wenn diese ins Ausland gereist sind, um sich dort einer terroristischen Gruppierung anzuschließen, und vermutet wird, dass sie eine Gefahr für die nationale Sicherheit darstellen. Hinsichtlich der Möglichkeiten, gegen diese Maßnahmen rechtlich vorzugehen, fehlte es an effektiven Verfahrensgarantien.

Im Oktober 2016 wurde dem Parlament das Gesetz über Inlands- und Auslandsgeheimdienste vorgelegt. Bei seiner Verabschiedung würde es den Geheimdiensten umfassende Überwachungsbefugnisse zugestehen, die Verletzungen des Rechts auf Privatsphäre, des Rechts auf freie Meinungsäußerung und des Rechts, nicht diskriminiert zu werden, zur Folge haben könnten. Der Gesetzentwurf enthält nur unzureichende Schutzmechanismen gegen einen Missbrauch dieser Befugnisse durch die Inlands- und Auslandsgeheimdienste. Es wurde große Besorgnis darüber geäußert, dass Informationen möglicherweise mit anderen Ländern geteilt werden, wo sie Menschenrechtsverletzungen Vorschub leisten könnten.

Seit Februar 2016 erhielt Nada Kiswanson, eine in Den Haag ansässige Menschenrechtsanwältin, die die palästinensische NGO Al-Haq vertritt, wegen ihrer Arbeit am Internationalen Strafgerichtshof fortgesetzt Drohungen. Sie wurde mehrfach mit dem Tod bedroht, eingeschüchtert, schikaniert und diffamiert. Darüber hinaus hat man ihre Kommunikationskanäle gestört. Die niederländischen Behörden ergriffen jedoch erst im April gezielte Maßnahmen zu ihrem Schutz und leiteten Ermittlungen ein.